১৯৬৮ খ্রিস্টাব্দে এ প্রতিষ্ঠান “খুলনা সরকারি কমার্শিয়াল ইনস্টিটিউট, খুলনা” নামে যাত্রা শুরু করে। বাস্তব অবস্থার পরিপ্রেক্ষিতে ১২.০৫.২০১৬ খ্রি. তারিখে সরকারি সিদ্ধান্ত মোতাবেক “খুলনা সরকারি কলেজ, খুলনা” নামকরণ করা হয়। ১৩.১০.২০১৮ খ্রি. তারিখে প্রফেসর ড. মোল্লা আমীর হোসেন (৬০৬৯) অধ্যক্ষ হিসেবে এ প্রতিষ্ঠানে যোগদান করেন। তিনি প্রতিষ্ঠানটির একটি ইউনিক নাম রাখার উদ্যোগ গ্রহণ করেন এবং মহান মুক্তিযুদ্ধের স্লোগান ‘জয়বাংলা’ শব্দটি বেছে নেন। বাঙালি জাতির ঐক্যের চেতনার প্রতীক ‘জয়বাংলা’ নামে সারা দেশে কোন সরকারি কলেজ তথা শিক্ষা প্রতিষ্ঠান নেই। প্রতিষ্ঠানের অধ্যক্ষ প্রফেসর ড. মোল্লা আমীর হোসেন খুলনা সিটি কর্পোরেশন এর মাননীয় মেয়র জনাব তালুকদার আব্দুল খালেক এর সুপারিশপত্রসহ মাননীয় সিনিয়র সচিব মাধ্যমিক ও উচ্চশিক্ষা বিভাগ, শিক্ষা মন্ত্রণালয়, বাংলাদেশ সচিবালয়, ঢাকাতে আবেদন করেন। পরবর্তীতে বিভিন্ন দাপ্তরিক কার্যক্রম থেকে প্রতিষ্ঠানটির নাম “সরকারি জয়বাংলা কলেজ, খুলনা” হিসেবে প্রজ্ঞাপন জারি করা হয়েছে। এজন্য মাননীয় শিক্ষা মন্ত্রী, মাননীয় শিক্ষা উপমন্ত্রী ও শিক্ষা সচিবের প্রতি কৃতজ্ঞতা এ প্রতিষ্ঠনের সকলের। উল্লেখ্য এ স্লোগানটির স্রষ্টা মহান মুক্তিযুদ্ধের স্থপতি, হাজার বছরের শ্রেষ্ঠ বাঙালি, জাতির পিতা শেখ মুজিবুর রহমান। তিনি এ স্লোগানের শক্তি দিয়ে বাঙালি জাতিকে স্বাধীনতা ও মুক্তির মহামন্ত্রে উদ্বিপ্ত করে করতে সক্ষম হন, যার সুফল স্বাধীন বাংলাদেশ। এ স্লোগানকে চির স্মরণীয় করে রাখতে কলেজ কর্তৃপক্ষের এ মহতী প্রয়াস। এ প্রতিষ্ঠানটি জয়বাংলা স্লোগানের প্রতিষ্ঠান হিসেবে চির অম্লাম থাকবে।
গত ৩ ফেব্রুয়ারি, ২০২০ খ্রি. তারিখ এ প্রতিষ্ঠানের ওয়েবসাইটের শুভ উদ্বোধন করেন এ প্রতিষ্ঠানেরই সাবেক অধ্যক্ষ ও যশোর শিক্ষা বোর্ডের বর্তমান চেয়ারমান প্রফেসর ড. মোল্লা আমীর হোসেন। জয়বাংলা।